昆明市妇幼保健院儿童保健部是云南省唯一的国家级儿童早期发展示范基地、国家级新生儿保健特色专科建设单位、国家级婴幼儿养育照护示范指导中心、中国妇幼保健协会孤独症三级网络规范化建设项目培训基地、云南省基层儿童保健基地。拥有昆明市早产儿救治中心、昆明市危重新生儿救治中心、昆明市高危儿管理技术中心、昆明市儿童喘息性疾病诊疗中心、昆明市儿童早期发展技术中心、昆明市儿童体质监测中心等六个技术中心。2022年获得“云南省卫生健康先进集体”荣誉称号。

儿童保健部下设6个科室，分别为：儿一科、儿二科、新生儿科、儿童保健科、儿童康复科、预防保健科。现有住院床位167张，日间黄疸光疗门诊床位16张，职工204人，其中医生76人（正高4人、副高14人、中职28人），护士117人（副高5人、中职28人），康复治疗技师11人，是一支结构合理、技术过硬的儿科团队。

儿科目前有两个病区（华山院区儿一科、呈贡院区儿二科），两院区实行同质化管理，一体化服务，目前开放65张，呈贡院区拟逐步开放床位100张，并逐步开展儿童特需服务。拥有先进的医疗设备，主要开展儿童呼吸、消化、心血管、血液、神经、内分泌、变态反应性疾病诊疗。开设多个特色专科（病）门诊：儿童哮喘、慢性咳嗽、反复呼吸道感染、内分泌遗传代谢、先天性心脏病、川崎病、贫血、风湿免疫、皮肤等。有哮喘标准化门诊，喘息性疾病诊疗在区域范围内起到引领示范作用。与中医科联合开展中西医结合查房，开展多项中医特色诊疗项目。常规开展住院病人营养风险筛查。有呼吸及内分泌MDT团队，在呼吸道疑难疾病、内分泌疾病诊疗、急危重症救治方面有较强的能力。